Враховуючи значні досягнення НАУ у реформуванні всіх видів його діяльності, Указом Президента України від 14 грудня 2000 р. № 1338 «Питання Національного аграрного університету» та Постановою Кабінету Міністрів України від 1 березня 2001 р. № 202 «Про Національний аграрний університет» університету підтверджено статус Національного, автономного і самоврядного вищого навчального закладу України у функціональному управлінні Кабінету Міністрів України та передбачено фінансування його діяльності окремим рядком у Державному бюджеті за індивідуальними нормативами.

За Розпорядженням Кабінету Міністрів України від 8 серпня 2001 р. № 327 зі сфери управління Міністерства аграрної політики України до складу Національного аграрного університету передано Інститут післядипломної освіти керівників і спеціалістів агропромислового комплексу.

Згідно з Розпорядженням Кабінету Міністрів України від 11 липня 2001 р. № 278 у НАУ на базі військової кафедри створено факультет військової підготовки.

Заліщинському аграрному технікуму за результатами акредитації було надано статус коледжу.

Згідно з Постановами Кабінету Міністрів України від 6 травня 2001 р. № 434 та від 16 травня 2001 р. № 508 на базі Бережанського і Ніжинського агротехнічних коледжів створені Бережанський та Ніжинський агротехнічні інститути.