Розпорядженням Кабінету Міністрів України від 26 липня 2004 р. № 517-р прийнято пропозицію Міністерства аграрної політики України (погоджена з Радою Автономної Республіки Крим) про утворення Південного філіалу «Кримський агротехнологічний університет» НАУ (м. Сімферополь) на базі Кримського державного агротехнологічного університету як структурного підрозділу НАУ з окремими правами юридичної особи.

Відповідно до Розпорядження Кабінету Міністрів України від 31 березня 2004 р. № 201-р зі сфери управління Міністерства аграрної політики України до складу НАУ передано цілісний майновий комплекс Державного племінного птахівничого заводу ім. Фрунзе (Автономна Республіка Крим) як навчально-дослідне господарство НАУ.

На виконання вищезазначеного розпорядження спільним наказом Міністерства аграрної політики України та Національного аграрного університету станом на 1 вересня 2004 р. передано цілісний майновий комплекс Кримського державного агротехнологічного університету та Ордена Трудового Червоного Прапора агропромисловий коледж; Бахчисарайський будівельний технікум; Прибрежненський технікум; Технікум гідромеліорації та механізації сільського господарства зі сфери
управління Міністерства аграрної політики України до складу НАУ.

Розпорядженням Кабінету Міністрів України від 8 вересня 2004 р. № 633-р «Про реорганізацію Українського науково-дослідного інституту сільськогосподарської радіології» прийнято пропозицію Міністерства аграрної політики України щодо реорганізації вищевказаного інституту шляхом приєднання його до Національного аграрного університету як структурного підрозділу з окремими правами юридичної особи.

Боярському аграрному технікуму за результатами акредитації було надано статус коледжу.