Враховуючи поліпрофільність спеціальностей в НАУ, високий рівень науково-дослідної діяльності, значний рівень аспірантури і докторантури, широкі міжнародні зв'язки та з метою подальшого розширення навчальної, дослідницької та інноваційної діяльності Національного аграрного університету з метою задоволення потреб агропромислової, природоохоронної та інших галузей економіки, а також враховуючи необхідність адаптації такої діяльності до вимог міжнародних організацій дослідницьких
університетів, Постановою Кабінету Міністрів України від 30 жовтня 2008 р. № 945 Національний аграрний університет перейменовано в Національний університет біоресурсів і природокористування України (НУБіП України). Цією ж Постановою затверджено новий склад наглядової ради університету і внесено зміни та доповнення до його Статуту.

Відповідно до Постанови Кабінету Міністрів України від 5 листопада 2008 р. № 962 «Про внесення змін до постанови Кабінету Міністрів України від 26 липня 2006 р. № 1025» («Про заходи щодо оптимізації мережі військових навчальних підрозділів вищих навчальних закладів») відновлено діяльність військової кафедри НУБіП України.

Згідно Постанови Кабінету Міністрів України від 27 серпня 2008 р. за № 742 було створено Український навчально-науковий інститут інформаційного і телекомунікаційного забезпечення агропромислової та природоохоронної галузей економіки як відокремлений структурний підрозділ НАУ з окремими правами юридичної особи.

Розпорядженням Кабінету Міністрів України від 10 вересня 2008 р. № 1182-р «Про реорганізацію Державного науково-дослідного і проектно-конструкторського інституту «Консервпромкомплекс» до складу НАУ передано Державний науково-дослідний і проектно-конструкторський інститут «Консервпромкомплекс» (нині Науково-дослідний та проектний інститут стандартизації і технологій екобезпечної та органічної продукції), м. Одеса.